扣底薪作为业绩惩罚不合法。依据《劳动法》，不得随意克扣员工工资，否则违法。长期如此，会影响员工权益，造成劳动关系紧张。
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扣底薪违法。处理方式：1.与老板协商，表达不满并寻求解决方案；2.若协商无果，向劳动仲裁委申请仲裁，注意时效为1年；3.对仲裁不满，可向法院起诉，维护自身权益。
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常见处理方式为协商、仲裁、诉讼。应先尝试与老板协商，协商无果则申请劳动仲裁，对仲裁结果不服再提起诉讼。