农民工工资个税应由农民工本人缴纳。从法律角度来看，个人所得税是根据个人所得收入来计算的，农民工作为收入的获得者，有义务依法缴纳个人所得税。如果农民工存在偷税、漏税行为，可能面临税务部门的处罚。当发现农民工工资被单位或他人非法代扣个税时，表明问题比较严重，应及时寻求专业人士的帮助。
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从法律角度讲，农民工工资个税的常见处理方式有两种：一是农民工自行申报缴纳；二是由支付工资的单位代扣代缴。选择哪种方式主要取决于具体的支付方式和税务部门的规定。如果农民工是自由职业者或个体劳动者，通常需要自行申报缴纳个税；而如果农民工受雇于某个单位，单位则有义务代扣代缴个税。
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从法律角度，针对不同情况，农民工工资个税的处理方式具体操作如下：1. 若农民工受雇于单位，单位应在发放工资时依法代扣代缴个人所得税，并向农民工提供完税证明。农民工应保留好相关凭证，以备税务部门核查。2. 若农民工为自由职业者或个体劳动者，应在取得收入后自行向税务部门申报缴纳个人所得税。申报时需提供收入证明、身份证明等相关材料。3. 若农民工发现单位未依法代扣代缴个人所得税，可向税务部门举报。税务部门将依法对单位进行处理，并保障农民工的合法权益。同时，农民工也应注意保留好相关证据，以便在必要时维护自己的权益。